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元々燕山君の実母である廃妃尹氏の懷墓を懷陵として昇格しながら陵の願刹として出発した蓮花寺は、燕山君の廃位の後、長い間、空き地として残されていたが、英祖1年（1725）に景宗と彼の継妃である宣懿王后が安葬された懿陵が近くに造営されることにより、懿陵の願刹となった。1882年壬午軍乱の時、火災によりなくなったものを翌年淨潭僧が重建した。

1993年に発見された朝鮮末の高宗21年（1884）10月に書かれた彌勒殿上梁文「天蔵山妙蓮寺重建記」によると、元々お寺の名前が妙蓮寺であったことが分かる。つまり、妙蓮という僧がこの寺で仏事をしていたが、僧の性格と品格が余りにも良くて、人々が僧の法名を妙蓮寺としたと言う。その後、いつからかは分からないが、蓮花寺として名前が変わった。昔はこの付近が樹木が茂っていて、田んぼと畑があったが、今は学校と住宅で囲まれている。