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本来是把燕山君的生母废妃尹氏的怀墓升格为怀陵时作为陵的原刹而修建的莲花寺，在燕山君被废位之后荒废了很长时间，后来到了英祖1年（1725年）在附近修建安葬景宗和其继妃宣懿王后的懿陵之后又成为懿陵的原刹。1882年壬午军乱时被烧掉，第二年又被净潭和尚重建。

根据1993年发现的朝鲜末期高宗21年（1884年）10月的弥勒殿上梁文【天藏山妙莲寺重建记】记载，可以看出该寺庙原名为妙莲寺。据说有位叫妙莲的和尚在该寺院里做佛事，因这位和尚的品性特别好，人们干脆把寺名也叫做妙莲寺。后来不知什么时候又变成莲花寺。以前寺庙附近树木繁盛，周边都是农田，但现在却被学校和住宅所包围。